"ההיסטוריה של Human Rights Watch מצבעה על מעורבות בקמפיין החרם נגד ישראל", כך תוקפים היום (ג') במכון המחקר NGO MONITOR את ארגון זכויות האדם. לדברי NGO מוניטור, תגובת הארגון לסירוב הישראלי לאשר ויזת עבודה לעומר שאקיר, משקפת את ניסיונו המתמשך של הארגון לשוות לעצמו אובייקטיביות ומקצועיות ביחס לסכסוך הישראלי-פלסטיני.

הפגנה פרו פלסטינית באמסטרדם. צילום: הדס פרוש, פלאש 90
הפגנה פרו פלסטינית באמסטרדם. צילום: הדס פרוש, פלאש 90

באוקטובר 2016 הארגון שכר את שאקיר כדי שישמש כ"מנהל הפעילות בישראל ופלסטין". שאקיר הוא תומך BDS בולט המתנגד למשא ומתן בין ישראל לפלסטינים, ומקדם חזון של "מדינה אחת" (למידע נוסף ראו כאן).  בקמפיין האחרון של HRW נגד ישראל, הארגון חבר לפלסטינים במאמץ להעניש את ישראל במסגרת פיפ"א, ובקידום "רשימה שחורה" במועצת זכויות האדם של האו"ם של חברות הפועלות בישראל.

בשנת 2009 מייסד הארגון רוברט ברנשטיין פרסם מאמר בניו יורק טיימס ובו הוא ביקר בחריפות את הארגון על כך שהוא מתעלם מהפרות זכויות אדם בחברות סגורות, על ההטיה האנטי-ישראלית שלו ועל כך שהוא "מפרסם דוחות…שמסייעים לאלו שרוצים להפוך את ישראל למדינה מצורעת". המאמר התפרסם על רקע חשיפה כי לחוקר בכיר בארגון, שהיה מעורב בכתיבת דוחות נגד ישראל, הייתה אובססיה למזכרות נאציות; לטיול גיוס התרומות של בכירי הארגון בערב הסעודית, תוך אזכור "קבוצות לחץ פרו-ישראליות" (בהקשר ללובי היהודי), ולובי רחב לקידום דו"ח גולדסטון בנושא מבצע "עופרת יצוקה".

פרופ' ג'ראלד שטיינברג, נשיא מכון המחקר NGO Monitor: "מזה שני עשורים ארגון HRW מוביל קמפיינים אנטי ישראלים באופן אגרסיבי ובוטה. אלו שמגנים על הארגון צריכים לשאול מדוע הארגון ממנה באופן שיטתי פעילי BDSלתפקידי 'מחקר' הקשורים לישראל, ובו בזמן פועל לבודד את ישראל בזירה הבינלאומית. הדבר היחיד החריג באירוע זה הוא שהארגון, למרות ביקורות רבות על האופן בו הוא פועל, ממשיך לפעול בצורה לא מקצועית תוך אובססיה אנטי-ישראלית. אם HRW ותומכיו רוצים יחס רציני הם צריכים להתחיל לפעול באופן שעולה בקנה אחד עם ערכי זכויות האדם – גם כשמדובר בישראל".